Eran contratados para trabajos verdaderamente duros que las personas normales no podían hacer, instruidos en el antiguo arte del ninjutsu (literalmente "El Arte del Sigilo") un arte marcial consistente principalmente en una exhaustiva recopilación de técnicas de espionaje, confusión, combate desarmado y con armas tradicionales de la época, y muy particularmente, recolección de información. En misiones nocturnas, donde se requería llegar (y salir) sin ser vistos, los ninja solían vestir de colores oscuros, cubiertos completamente (Shinobi Shozoku), salvo la zona de los ojos y nariz que era untada con una mezcla de carbón y polvos finos que opacaban la piel. Para otras misiones podían recurrir al método del disfraz y el engaño (Kyojutsu). Sus armas de preferencia eran los shuriken, cuchillas y otros objetos metálicos ideales para lanzar, los kunai (una especie de pala con punta y filo con multiples funciones), el ninjato (la espada del ninja), de hoja más corta y recta y un mango más largo que la katana. Eran aptos de usar una enorme variedad de armas y artefactos especialmente diseñados para sus fines y con múltiples funciones. Esto es porque el Ninja no le da un sentido único y estricto a cada una de sus herramientas, sino que al usarlas las adapta para todas las situaciones. Así, a modo de ejemplo, las espadas no solo cortaban, también se utilizaban para trepar, colocándolas como un punto de apoyo para acceder a un punto más alto y luego recuperándola con una soga con la que se llevaba amarrada.
Los ninja, entonces, eran principalmente campesinos entrenados en el llamado "arte del la perseverancia", y su tarea principal era proteger su nación y familia, encargándose de misiones en las cuales era fundamental la discreción, la eficiencia y el subterfugio. Su rol era similar al que desempeñan los comandos en ejércitos modernos. Durante las largas eras de guerras civiles en Japón, los ninja solían organizarse en clanes y ofrecer sus servicios a los Señores, solo en casos particulares feudales. El mito dice que los ninja no tenían escrúpulo ninguno a la hora de actuar, pero en realidad seguían los preceptos de un código de honor muy elaborado, el ninpo, similar en su manera al bushido de los samurai, que regía paso por paso la manera de actuar de los guerreros. El Ninja respetaba la vida más que nada, por lo que su principal objetivo era evitar el daño tanto para si mismo como para su oponente, buscando controlarlo en lugar de matarlo, llegando hasta este extremo solo en condiciones muy necesarias. Tanto el ninpo como el mismo concepto del ninjutsu se cree que provienen de las antiguas técnicas de espionaje chinas, consideradas en su día como las mejores del mundo. El mayor punto fuerte de los Ninja era la creencia popular de su falta de fortaleza, siendo que en realidad tenían un especializado sistema de combate, apto para enfrentarse, inclusive, a varios oponentes juntos.
Tras la unificación de Japón, las bondades de los ninja fueron descubiertas por shogunes y emperadores, y fue entonces cuando los ninja pasaron a ser considerados una especie de servicio de inteligencia del gobierno.